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 perl et linux

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dud
Invité



MessageSujet: perl et linux   Ven 23 Jan - 13:56

bonjour
je suis technicienne et j utilise des logiciels de bioinfo en ligne sur ncbi comme blast, ou multalin ou des logiciels EMBOSS. Pouvez vous me dire ce qu apporte perl je n ai pas compris a quoi ca sert!
merci
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Cyp
Admin
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Nombre de messages : 493
Date d'inscription : 26/09/2006

MessageSujet: Re: perl et linux   Ven 23 Jan - 18:41

Bonjour,
Tout d'abord, Perl est un langage de programmation. Il est utilisé, comme Python, pour effectuer des applications en bioinformatique. Ce langage est très utile pour faire du "parsing" de fichier (extraction d'informations depuis un fichier) mais aussi pour automatiser certaines taches (lancement automatique de Blast par exemple).
Le Perl permet de faire beaucoup de chose... voici un lien sur wikipedia qui sera plus explicite que moi : http://fr.wikipedia.org/wiki/Perl_(langage)

En tant que technicienne, le perl peut t'être utile par exemple si tu as récupéré des sorties blasts provenant d'une recherche sur des génomes différents et que tu veux extraire le nom du gène (ou d'autres informations) correspondant à la meilleur e-value pour ensuite en faire "autre chose". C'est un exemple basique, mais Perl permet vraiment d'automatiser des tâches qui pourrai s'avérer ingrate à faire à la main.


Voilà, j'espère que j'ai répondu a la question, si ce n'est pas le cas ou qu'un besoin de précision se fait sentir, il ne faut pas hésiter à le dire Smile

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Oki... je vais m'en faire une vrai...
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