Bioinfo

Forum pour les étudiants en bioinformatique (CNAM et Paris VII) ouvert à tous
 
AccueilAccueil  PortailPortail  CalendrierCalendrier  FAQFAQ  RechercherRechercher  S'enregistrerS'enregistrer  MembresMembres  GroupesGroupes  Connexion  

Partagez | 
 

 blast en série et GeneID

Aller en bas 
AuteurMessage
clementmaz
membre


Nombre de messages : 3
Date d'inscription : 05/03/2009

MessageSujet: blast en série et GeneID   Jeu 5 Mar - 20:29

Bonjour à tous,
j'ai une liste de 20000 oligo (70nt) que je dois blaster. Pour cela j'utilise blastcl3. (sous windows Mad )
Ca prend du temps mais ça fonctionne! blastcl3 me donne un fichier avec la pvalue, identité, num accession sur le NCBI...
Mon problème est que j'ai besoin du numero d'accession Ensembl alors que blastcl3 utilise les banques du NCBI. Car ensuite je dois aller sur biomart: grâce au numero accession Ensembl, je peux retrouver le GeneID, son nom...
Biomart peut utiliser les ID du NCBI mais il différencie les 'Refseq predicted', RefSeq' 'Entrez'.... et j'ai des ID qui ne rentrent dans aucune catégorie donc inutilisable par biomart.

Quelqu'un a-t-il une solution?

On m'a parlé de télécharger la banque Ensembl dont j'ai besoin en multi fasta et faire une banque blast avec le programme formatdb, mais je ne connais pas du tout donc c'est du chinois pour moi!

Merci!
Revenir en haut Aller en bas
Voir le profil de l'utilisateur
Cyp
Admin
avatar

Nombre de messages : 493
Date d'inscription : 26/09/2006

MessageSujet: Re: blast en série et GeneID   Lun 9 Mar - 17:20

Bonjour,

Ne travaillant pas sous windows pour faire des blasts, je ne vais suremen pas être d'une grande aide.

Cependant, il est peut être possible de trouver une table de conversion NCBI -> Ensembl pour pallier à ton problème.
Celà reste une hypothèse.

Bon courage

_________________
Signature : Marque permettant d'identifier l'auteur d'une œuvre ou même d'un phénomène

Oki... je vais m'en faire une vrai...
Revenir en haut Aller en bas
Voir le profil de l'utilisateur
clementmaz
membre


Nombre de messages : 3
Date d'inscription : 05/03/2009

MessageSujet: Re: blast en série et GeneID   Lun 9 Mar - 18:24

je te remercie;
j'arrive à peu près à me débrouiller, même si certain ID ne sont pas reconnus sur Biomart. je regroupe les différents 'sortes' d'ID et je les utilise sur biomart.
Revenir en haut Aller en bas
Voir le profil de l'utilisateur
Mydriaze
moderateur
avatar

Nombre de messages : 220
Age : 50
Localisation : 75013 Paris
Date d'inscription : 29/03/2006

MessageSujet: Re: blast en série et GeneID   Mar 17 Mar - 17:34

Desolée, je ne connais pas cet outil...

Je ne pourrai pas t'aider...

Bon courage

_________________
1996 : DELAM
1999 : Agent tk INSERM (Larib.)
2000 : Adjoint tk
2003 : Fin du DEST de biologie au CNAM (Cours du soir)
2007 : Adjoint tk en bioinfo INSERM (EBGM / Jussieu)
2008 : Fin des UE de licence pro bioinfo CNAM_ Mémoire en cour.
2009 : adjoint tk bioinfo INSERM (MTI/Lamark)
Bioinfo attitude powaa...
Revenir en haut Aller en bas
Voir le profil de l'utilisateur
Contenu sponsorisé




MessageSujet: Re: blast en série et GeneID   

Revenir en haut Aller en bas
 
blast en série et GeneID
Revenir en haut 
Page 1 sur 1
 Sujets similaires
-
» ? INTRIGUE NUMÉRO TROIS - « Blast Off. » (Rez-de-chaussée - Golf du Mexique)
» ? INTRIGUE NUMÉRO TROIS - « Blast Off. » (Terrasse du Yacht - Golf du Mexique)
» ? INTRIGUE NUMÉRO TROIS - « Blast Off. » (Premier Étage - Golf du Mexique)

Permission de ce forum:Vous ne pouvez pas répondre aux sujets dans ce forum
Bioinfo :: LES SECRETS DE LA BIOINFORMATIQUE :: AIDE-
Sauter vers: