les fichiers .PDB, ce sont des fichiers de coordonnees atomiques, que certains logiciels lisent très bien, comme Rasmol ou Chime (tous deux gratuits).
En général, ils présentent toujours le meme format.
Petit didacticiel en français :
http://www.didac-tic.fr/pdb/
Petite explication (attention, c'est de l'anglais) :
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/pdb.htm
J'espère que ça t'aidera.