blast en série et GeneID

Bonjour à tous,
j'ai une liste de 20000 oligo (70nt) que je dois blaster. Pour cela j'utilise blastcl3. (sous windows )
Ca prend du temps mais ça fonctionne! blastcl3 me donne un fichier avec la pvalue, identité, num accession sur le NCBI...
Mon problème est que j'ai besoin du numero d'accession Ensembl alors que blastcl3 utilise les banques du NCBI. Car ensuite je dois aller sur biomart: grâce au numero accession Ensembl, je peux retrouver le GeneID, son nom...
Biomart peut utiliser les ID du NCBI mais il différencie les 'Refseq predicted', RefSeq' 'Entrez'.... et j'ai des ID qui ne rentrent dans aucune catégorie donc inutilisable par biomart.

Quelqu'un a-t-il une solution?

On m'a parlé de télécharger la banque Ensembl dont j'ai besoin en multi fasta et faire une banque blast avec le programme formatdb, mais je ne connais pas du tout donc c'est du chinois pour moi!

Merci!

Bonjour,

Ne travaillant pas sous windows pour faire des blasts, je ne vais suremen pas être d'une grande aide.

Cependant, il est peut être possible de trouver une table de conversion NCBI -> Ensembl pour pallier à ton problème.
Celà reste une hypothèse.

Bon courage

je te remercie;
j'arrive à peu près à me débrouiller, même si certain ID ne sont pas reconnus sur Biomart. je regroupe les différents 'sortes' d'ID et je les utilise sur biomart.

Desolée, je ne connais pas cet outil...

Je ne pourrai pas t'aider...

Bon courage